Ввоз в РФ машины из Литвы ее гражданином, имеющим ВНЖ в России

Уважаемая Ксения! Доброго! В принципе все ответы в ст.264 ТК ЕЭС (см. http://www.consultant.ru/cons/...).

Согласно абзацев 2 и 3 п.2 ст.264 ТК ЕЭС 

Временный ввоз на таможенную территорию Союза указанных транспортных средств для личного пользования допускается на срок предоставления указанным физическим лицам привилегий в государстве пребывания, подтверждаемый в соответствии с законодательством этого государства.
В случае продления указанного срока срок временного ввоза на таможенную территорию Союза транспортных средств для личного пользования продлевается таможенным органом по обращению лиц, указанных в абзаце первом настоящего пункта, на период такого продления.

Как Вы пишите:

Я гражданка Литвы. Имея РВП в РФ ввезла машину из Литвы в РФ до конца срока действия РВП. На границе мне сказали, что я могу обратиться в таможню по месту и потом продлить временный ввоз, не пересекая границу снова.

Недавно получила ВНЖ. Однако, позвонив в таможню местную, мне сообщили, что поскольку у меня изменился статус (с РВП на ВНЖ), по месту решить вопрос не получится и выезжать придется.

На мой взгляд (личное мнение) необходимости специально выезжать с получением ВНЖ нет.

Просто заблаговременно (!!) обращаетесь с заявлением о продлении ввоза и прикладываете подтверждающие документы.

Или пусть тогда дают мотивированный отказ.

Здесь тогда уже или жалоба в транспортную прокуратуру или/и в суд в порядке ст.ст.218-223 КАС РФ (гос. пошлина 300 руб. — см. ст.333.19 НК РФ).